Dans la pépinière, les plantules issues d'un semis ou de la culture de tissu en laboratoire sont repiquées puis bénéficient des meilleurs soins jusqu'à atteindre une taille permettant de les rempoter. SO Natural cultive en interne ses propres Phalaenopsis dans une pépinière spécifiquement aménagée à ces fins. Cette étape dure de 28 à 30 semaines.